O ciclo de estudos conducente ao grau de mestre em Ciências do Mar, fornece uma perspetiva integrada e transversal da área das Ciências do Mar nas suas diferentes vertentes essenciais - Biologia, Física, Geologia e Química - a licenciados cuja formação seja basicamente numa dessas vertentes mas que tenham necessidade de uma compreensão alargada desta área no desempenho profissional ou de atividades de investigação científica.

Este ciclo de estudos visa a aquisição de conhecimentos teóricos e práticos (incluindo participação em cruzeiros oceanográficos, trabalho de campo e de laboratório). Pretende-se que os alunos conheçam as prioridades de investigação e desenvolvimento através da ligação a institutos e instituições nacionais de relevo na área do mar. Existe uma colaboração neste sentido entre a FCUL e o IH (Instituto Hidrográfico), EMEPC (Estrutura de Missão para a Extensão da Plataforma Continental) e IPMA (Instituto Português do Mar e da Atmosfera).

Concretamente, os alunos vão poder embarcar em cruzeiros do IH, durante o ano curricular, para adquirir experiência de trabalho a bordo. Pretende-se implementar a ligação entre as instituições através da realização de seminários de especialistas do IH, EMEPC e IPMA, e visitas dos alunos aos laboratórios. Haverá um leque de projetos de teses de mestrado a serem oferecidas pelo IH, EMEPC e IPMA, tendo em perspectiva as necessidades reais de formação sentidas por estas instituições. O IH terá disponível um pequeno número de bolsas para atribuir a alunos de excelência para a realização da tese de mestrado.

O objetivo é formar profissionais, cientistas e técnicos, com um perfil abrangente, com competências específicas e elevado grau de proficiência e autonomia, capazes de integrar harmoniosamente equipas multidisciplinares das várias disciplinas de Ciências do Mar, ou grupos de uma área mais sectorial, acrescentando-lhes indiscutível valor, preenchendo um vetor profissionalizante a explorar. O 2.º Ciclo em Ciências do Mar constitui ainda um veículo promocional de 3.os ciclos em Ciências do Mar, área de Doutoramento da FCUL, que está integrado no programa doutoral Earthsystems, financiado pela FCT.