O curso de Mestrado em Engenharia Alimentar é um curso de 120 ECTS, que se desenvolve em 4 semestres lectivos, e visa a formação universitária de profissionais para ocupar posições de liderança na indústria e investigação na área alimentar e áreas relacionadas. A qualidade e a actualidade do ensino ministrado permite a mobilidade dos alunos para e de Universidades de excelência na Europa ou fora da Europa, bem como a inserção dos futuros Mestres no mercado global de trabalho. A integração de conceitos das áreas da ciência e da engenharia permite avaliar as matérias-primas e interpretar os fenómenos associados às modificações bioquímicas, físico-químicas, microbiológicas, sensoriais e funcionais de alimentos e bebidas. O curso de Mestrado em Engenharia Alimentar confere também formação na área da gestão e comercialização (marketing) permitindo uma maior diversificação de opções profissionais. O curso encontra-se acreditado pela A3ES (Agência de Avaliação e Acreditação do Ensino Superior) e pela Ordem dos Engenheiros (OE).