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ADVANCE – Centro de Investigação Avançada em Gestão do ISEG
Associação da Faculdade de Farmácia para a Investigação e Desenvolvimento (FARM-ID)
Centro de Administração e Políticas Públicas (CAPP)
Centro de Álgebra (CAUL)
Centro de Análise Funcional, Estruturas Lineares e Aplicações (CEAFEL)
Centro de Análise Matemática, Geometria e Sistemas Dinâmicos (CAMGSD)
Centro de Arqueologia (UNIARQ)
Centro de Astronomia e Astrofísica (CAAUL)
Centro de Biodiversidade, Genómica Integrativa e Funcional (BioFIG)
Centro de Biologia Ambiental (CBA)
Centro de Biologia da Adaptação e Processos (CBAP)[CR1]
Centro de Botânica Aplicada à Agricultura (CBAA)
Centro Cardiovascular da Universidade de Lisboa (CCUL)
Centro de Ciência e Tecnologia do Ambiente e do Mar (MARETEC)
Centro de Ciências e Tecnologias Aeronáuticas e Espaciais (CCTAE)
Centro de Ciências e Tecnologias Nucleares (C2TN)
Centro de Ciências Moleculares e Materiais (CCMM)
Centro de Ecologia Aplicada Prof. Baeta Neves (CEABN)
Centro de Engenharia dos Biossistemas (CEER)
Centro de Engenharia e Tecnologia Naval e Oceânica (CENTEC)
Centro de Estatística e Aplicações (CEA)
Centro de Estruturas Lineares e Combinatórias (CELC)
Centro de Estudos Africanos e Brasileiros (CEAB)
Centro de Estudos Anglísticos (CEAUL)
Centro de Estudos Clássicos (CEC)
Centro de Estudos Comparatistas (CEC)
Centro de Estudos de Arquitectura Paisagista Professor Caldeira Cabral (CEAPPCC)
Centro de Estudos de Artes Performativas (CEAP)
Centro de Estudos de Doenças Infecciosas (CEDI)
Centro de Estudos de Educação e Promoção da Saúde (CEEPS)
Centro de Estudos de Educação Especial (CEEE)
Centro de Estudos de Gestão do IST (CEG-IST)
Centro de Estudos de Teatro (CET)
Centro de Estudos em Inovação, Tecnologia e Políticas de Desenvolvimento (IN+)
Centro de Estudos Florestais (CEF)
Centro de Estudos Geográficos (CEG)
Centro de Estudos sobre África, Ásia e América Latina (CEsA)
Centro de Filosofia (CF)
Centro de Filosofia das Ciências (CFC)
Centro de Física Atómica (CFA)
Centro de Física e Engenharia de Materiais Avançados (CeFEMA)
Centro de Física Nuclear (CFN)
Centro de Física Teórica de Partículas (CFTP)
Centro de Física Teórica e Computacional (CFTC)
Centro de Geologia (CeGUL)
Centro de História da Universidade de Lisboa (CH-ULisboa)
Centro de Investigação e de Estudos em Belas-Artes (CIEBA)
Centro de Investigação em Arquitectura, Urbanismo e Design (CIAUD)
Centro de Investigação em Psicologia (CIP)
Centro de Investigação em Sociologia Económica e das Organizações(SOCIUS)
Centro de Investigação Interdisciplinar em Sanidade Animal (CIISA)
Centro de Investigação Operacional (CIO)
Centro de Linguística (CL)
Centro de Literaturas e Culturas Lusófonas e Europeias (CLCLE)
Centro de Matemática Aplicada à Previsão e Decisão Económica (CEMAPRE)
Centro de Matemática Computacional e Estocástica (CEMAT)
Centro de Matemática e Aplicações Fundamentais (CMAF)
Centro de Oceanografia (CO)
Centro de Patogénese Molecular – Unidade de Retrovírus e Infecções Associadas (CPM-URIA)
Centro de Química e Bioquímica (CQB)
Centro de Química Estrutural (CQE)
Centro de Química-Física Molecular (CQFM)
Centro de Recursos Naturais e Ambiente (CERENA)
Centro de Sistemas de Energia Sustentáveis (SESUL)
Centro Interdisciplinar de Estudo da Performance Humana (CIPER)
Centro Interdisciplinar de Estudos de Género (CIEG)
Centro Interuniversitário de História das Ciências e da Tecnologia (CIUHTC)
Centro Multidisciplinar de Astrofísica (CENTRA)
Gabinete de História Económica e Social (GHES)
Grupo de Física-Matemática (GFM)
INESC Microsistemas e Nanotecnologias (INESC-MN)
Instituto de Bioengenharia e Biociências (IBB)
Instituto de Biofísica e Engenharia Biomédica (IBEB)
Instituto de Ciências Sociais
Instituto de Engenharia Mecânica (IDMEC)
Instituto de Etnomusicologia – Centro de Estudos em Música e Dança (INET-MD)
Instituto de Investigação e Inovação em Engenharia Civil para a Sustentabilidade (CEris)
Instituto de Medicina Molecular (IMM)
Instituto de Medicina Preventiva (IMP)
Instituto de Sistemas e Robótica (ISR/IST)
Instituto de Investigação do Medicamento (iMed.ULisboa)
Instituto do Oriente (IO)
Instituto Dom Luiz (IDL)
Laboratório de Biomecânica e Morfologia Funcional (LBMF)
Laboratório de Comportamento Motor (LCM)
Laboratório de Digitalização 3D
Laboratório de Ergonomia (LE)
Laboratório de Exercício e Saúde (LES)
Laboratório de Fotografia e Imagem de Síntese (Lafis)
Laboratório de Métodos Matemáticos (LMM)
Laboratório de Modelação de Agentes (LABMAG)
Laboratório de Pedagogia (LP)
Laboratório de Perícia no Desporto (SPERT)
Laboratório de Processamento De Superfícies Por Laser (LSPM)
Laboratório de Prototipagem Rápida (LPR)
Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala (LaSIGE)
Laboratório de Sistemas, Instrumentação e Modelação em Ciências e Tecnologias do Ambiente e do Espaço (SIM)
Unidade de Estudos sobre a Complexidade na Economia (UECE)
Unidade de Investigação e Desenvolvimento em Educação e Formação (UIDEF)
Unidade de Investigação em Ciências Orais e Biomédicas (UICOB)
Unidade de Investigação em Química Ambiental (UIQA)